نعت منظمة المؤتمر الإسلامي رحيل المرجع الديني الكبير سماحة آية الله العظمى السيد محمد حسين فضل الله بكثير من الأسى والتأثر.
ونقلت الأنباء عن موقع جريدة الانتقاد أن منظمة المؤتمر الإسلامي قالت في بيان لها، ننعى إلى العالم الإسلامي، المرجع الديني، العلامة السيد محمد حسين فضل الله، والذي وافته المنية عن عمر يناهز خمسة وسبعين عاما بعد معاناة طويلة مع المرض. تغمده الله الفقيد بوافر رحمته وأسكنه فسيح جناته".
وتابع البيان:" يشكل رحيل العلامة فضل الله خسارة للأمة الإسلامية، حيث عاش الرجل عمره مخلصا جهده في خدمة وطنه وقضايا أمته ورمزا للتقارب بين المذاهب، مسخرا جهده لرأب الصدع وتخفيف التوتر في لبنان وعلى صعيد العالم الإسلامي. وبهذا المصاب الجلل، تفقد الأمة الإسلامية واحدا من أبرز الشخصيات الإسلامية التي اضطلعت بدور مهم في دعم التضامن الإسلامي".
 
من جهته وصف حزب الله رحيل المرجع الديني العلامة المجاهد السيد محمد حسين فضل الله في بيان أصدره بهذه المناسبة، بأنها خسارة كبيرة مع تأكيده ببقاء علمه وجهاده ومواقفه نبراساً للمجاهدين الأحرار.
وأضاف البيان أن فقد لبنان والأمة الإسلامية والعالم بأسره العلامة المجاهد آية الله سماحة السيد محمد حسين فضل الله (تغمَّده الله تعالى بواسع رحمته)، العالِمَ الإسلامي الكبير الذي ملأ الساحة بعلمه وجهاده ومواقفه وتربيته ومؤلفاته، وهو الذي وقف بكل جرأة ووضوح نصيراً للمقاومة ضد العدو الصهيوني وللمجاهدين الأبطال، حيث تشهد الساحة تحديه وتصديه للاحتلال وأفعاله الإجرامية، والأثمان التي دفعها نتيجة لمواقفه، وعبَّر عن رفضه لمؤامرات الاستكبار.
وأضاف البيان لقد كان العلامة فضل الله من أبرز الداعين والملحِّين إلى الوحدة الإسلامية محارباً التفرقة والفتنة، وعاش مع الناس في شؤونهم وشجونهم وتوجيهاتهم. إنها خسارة كبرى لهذا الرمز الذي تحتاجه ساحتنا، وإذا فُقِد العالم ثُلِمَت ثَلمةٌ في الإسلام لا يسدُّها شيء، وإنَّا لله وإنَّا إليه راجعون، وسيبقى علمه وجهاده ومواقفه نبراساً للمجاهدين الأحرار.
 
أما حركة المقاومة الإسلامية حماس فقالت بأ، العلاَّمة فضل الله أمضى عمره في العلم والعطاء خدمة للمشروع الإسلامي، ووحدة الأمة الإسلامية في مواجهة الاحتلال والعدوان، كما كان من دعاة التقريب بين المذاهب الإسلامية، وعاملاً على جمع كلمة المسلمين، ومناصرًا لقضاياهم المصيرية، وفي مقدمتها القضية الفلسطينية التي أولاها بالغ الاهتمام.
وتقدمت الحركة بخالص العزاء والمواساة إلى عائلته ومقلديه، داعيةً المولى عز وجل أن يتغمَّد روح الفقيد بواسع رحمته ويسكنه فسيح جنانه، وأن يلهم أهله وذويه ومقلديه جميل الصبر والسلوان.
 
من جهته أصدر سماحة الأمين العام لحزب الله السيد حسن نصر الله بياناً وصف فيه الفقيد العلامة السيد محمد حسين فضل الله بان كان أباً رحيماً ومرشداً حكيماً وكهفاً حصيناً وسنداً قوياً في كل المراحل.
وقال نصر الله "لقد فقدنا اليوم أباً رحيماً ومرشداً حكيماً وكهفاً حصيناً وسنداً قوياً في كل المراحل. هكذا كان لنا سماحته ولكل هذا الجيل المؤمن والمجاهد والمقاوم منذ أن كنا فتيةً نصلي في جماعته ونتعلم تحت منبره ونهتدي بكلماته ونتمثل أخلاقه ونقتدي بسيرته".
وأضاف : علمنا في مدرسته أن نكون دعاة بالحكمة والموعظة الحسنة وان نكون أهل الحوار مع الآخر وأن نكون الرافضين للظلم والمقاومين للاحتلال وعشاق لقاءٍ مع الله تعالى من موقع اليقين  وأن نكون أهل الصبر والثبات والعزم مهما أحاطت بنا الشدائد والمصاعب والفتن. فكان لنا الأستاذ والمعلم والعلم والنور الذي نستضيء به في كل محنة واليوم نفتقده إذ يفارقنا إلى جوار ربه الكريم الذي جاهد في سبيله طيلة عمره الشريف إلا أن روحه الزكية وفكره النيّر وكلمته الطيبة وابتسامته العطوفة وسيرته العطرة ومواقفه الصلبة كل ذلك سيبقى فينا هادياً ودليلاً ودافعاً قوياً متجدداً للعمل الدؤوب والجهاد المتواصل.
وتابع الأمين العام لحزب الله : إنني أتقدم باسم المجاهدين والمقاومين وعوائل الشهداء والجرحى والمحررين وكل جمهور المقاومة إلى أمامنا صاحب الزمان عليه السلام وإلى مراجعنا العظام وفي مقدمتهم سماحة الإمام الخامنئي دام ظله وإلى جميع المسلمين عموماً واللبنانيين خصوصاً وبالأخص إلى أسرته أسرة العلم والفضل والجهاد والشرف بأحر التعازي واصدق مشاعر المواساة في هذا المصاب الجلل الذي أصاب امتنا. ونعاهد روح سيدنا الجليل الراحل أننا سنبقى الأوفياء للأهداف المقدسة التي عاش من أجلها وعمل لها وضحى في سبيلها ليل نهار، وان نبذل في سبيلها كل غالٍ ونفيس إن شاء الله.

أما فخامة الرئيس الإيراني الدكتور محمود أحمدي نجاد رئيس الجمهورية الإسلامية في إيران فقد قدم تعازيه بوفاة العلامة الفقيه المجاهد السيد محمد حسين فضل الله.
معرباً عن تأثره الشديد لوفاة الفقيه التقي والعالم المجاهد العلامة السيد محمد حسين فضل الله, معتبراً فقدان هذا المرجع الكبير ثلمة في الحوزات العلمية الدينية.
وتقدم رئيس الجمهورية الإسلامية بالتعازي الى الإمام المهدي (عجل الله تعالى فرجه الشريف) وإلى الإمام الخامنئي ومراجع الدين العظام والأمة الإسلامية وخاصة الشعب اللبناني الثوري والمقاوم, مبتهلا إلى المولى تبارك وتعالى أن يتغمد الفقيد بواسع رحمته وأن يمن على ذويه بالصبر والسلوان.
 
كذلك أعرب رئيس مجلس الشورى الإسلامي الدكتور علي أردشير لاريجاني, في بيان له  عن تعازيه بوفاة المرجع الديني سماحة العلامة المجاهد آية الله السيد محمد حسين فضل الله.
وقدم لاريجاني التعازي إلى الأمة الإسلامية والحكومة والشعب اللبناني وخاصة الشيعة منهم, بفقد العالم الجليل العلامة فضل الله الذي أفنى عمره الشريف في سبيل خدمة الدين الإسلامي الحنيف والشعب اللبناني.
واعتبر رئيس مجلس الشورى الإسلامي, أن الفقيد كان يراقب الأوضاع بنظرته الثاقبة وفكره النير, وكان بتوعيته المسلمين في الوقت المناسب يمثل سداً رصيناً أمام الأعداء.
وأعرب رئيس مجلس الشورى الاسلامي في هذه المناسبة الأليمة عن تعازيه شخصياً وتعازي نواب المجلس, إلى أسرة الفقيد والشعب والحكومة في لبنان.
 
من جهته بعث وزير خارجية الجمهورية الإسلامية منوجهر متكي برقيات منفصلة إلى المسئولين والشخصيات اللبنانية, أعرب فيها عن تعازيه بوفاة العلامة السيد محمد حسين فضل الله.
وأفادت وكالات الأنباء أن متكي إثر وفاة العالم والفقيه اللبناني البارز العلامة السيد محمد حسين فضل الله, بعث برقيات تعزية إلى عدد من المسؤولين والشخصيات اللبنانية من بينهم الأمين العام لحزب الله السيد حسن نصر الله ورئيس مجلس النواب نبيه بري ووزير الخارجية علي الشامي وحجة الإسلام السيد علي فضل الله نجل الفقيد الراحل, أعرب فيها عن تعازيه ومواساته للحكومة والشعب في لبنان وأسرة الفقيد.
وأشار متكي في برقية التعزية التي بعثها الى السيد حسن نصر الله, بدور العلامة الفقيد السيد محمد حسين فضل الله في التقريب بين المذاهب الإسلامية ودوره في مجال تحقيق الوحدة الوطنية وكذلك التقارب بين الإسلام والمسيحية في لبنان.

كما نعى الأزهر الشريف شيوخه وعلماؤه وطلابه إلى الأمة الإسلامية والى الشعب اللبناني رحيل العلامة آية الله السيد محمد حسين فضل الله. ونقلت الأنباء أن الأزهر قال بأن العلامة السيد محمد حسين فضل الله لقي ربه راضياً مرضياً بعد حياة حافلة أمضاها في نشر العلم النافع وعمل الخير والدفاع عن وحدة الأمة وثوابتها.
وأضاف البيان : كان رحمه الله صاحب فكر مستنير يرتفع فوق الفوارق المذهبية ويسعى للتقريب بين أبناء الأمة بل وبين المؤمنين جميعا من سائر الأديان.
كما ابرق شيخ الأزهر أحمد محمد الطيب إلى نجل آية الله فضل الله السيد علي معزيا مؤكدا أن السيد فضل الله كان العالم الثقة العامل بكتاب الله وسنة رسوله. الراسخ في حبه لآل البيت. المنزه عن التعصب لرأي أو مذهب. المدافع عن وحدة الأمة وعن ثوابتها. الذي جمع بين الصلابة في مواجهة الأعداء وبين السماحة والدعوة إلى التآخي بين الناس جميعا على اختلاف أديانهم وأعراقهم.

كما بعث الأمين العام لحركة الجهاد الإسلامي في فلسطين رمضان عبد الله شلَّح، ببرقية تعزية ومواساة لأسرة الفقيد آية الله السيد محمد حسين فضل الله وصفه فيها بأنه منارة من منارات العلم والإيمان في هذا العصر.
وأضاف شلّح أنه برحيل سماحة السيد (رحمه الله) فقد لبنان والأمة الإسلامية والإنسانية جمعاء منارةً من منارات العلم والإيمان في هذا العصر، وفقدت فلسطين سنداً قوياً لها عاش مسكوناً بحلم تحريرها وتطهيرها من دنس الغزاة حتى آخر نفس من حياته.
وأكد أن السيد فضل الله مثّل نمطاً فريداً في مسيرة حياة الأمة ووعيها لذاتها وللعالم من حولها، حيث كان صوت العلم والمعرفة في مواجهة الجهل، والوحدة في مواجهة الانقسام والتجزئة، والعدل في مواجهة الظلم، والحرية في مواجهة العبودية، والاستقلال في مواجهة التبعية، والنهوض في مواجهة التخلف، والحوار في مواجهة القطيعة، والمقاومة في مواجهة الاحتلال والاستعمار.
وقال الأمين العام لحركة الجهاد الإسلامي في فلسطين:" إن عزاءنا بفقده ورحيله أنه (رحمه الله) تحوَّل إلى مدرسة في الإيمان والوعي والمقاومة تخرج فيها أجيال مازالت تكافح على كل الثغور من أجل استعادة عزة الأمة وحريتها ونهضتها وكرامتها"