إن الشعار يُعد من أهم مميزات المؤسسات ، حيث يمكن التعرف عليها من خلاله ، أي يعتبر الرمز الأساسي الذي يمثل المؤسسة ، لذلك جاء تصميم شعار للحسينية من أولويات الأمور التي حضيت باهتمام الإدارة ، حيث ظلت الحسينية فترة ما يزيد على 125 سنة بدون شعار.

ولأجل ذلك أعدت الإدارة لجنة فنية قامت بإعداد مسابقة تصميم شعار للحسينية من الفترة 10 - 6 - 1998م إلى 15 - 9 - 1998م ، حيث شارك فيها كوكبة من الفنانين البحرينيين.

تم على إثرها اختيار الشعار الأنسب الذي توافره كل الأساسيات التي وضعتها الإدارة لتصميم الشعار وهي:

1. إسم المأتم الرسمي (مأتم بن خميس)

2. تاريخ تأسيس المأتم 1295هـ - 1877م

3. إحدى مكونات العمارة الإسلامية.

4. أن يكون الشعار مرسوما على مقاس A4

ورصدت لذلك جائزة نقدية وشهادة تقديرية للفائز .

وكان الشعار الذي تم اختياره ونال الشرف بذلك هو من تصميم الخطاط : محمد علي البحارنة.

كما هو مبين في قسم الشعار الفائز وذلك بعد التلوين