بعد سنوات من انتقال آية الله العظمى الحائري إلى رحمة الله تعالى ومجيء آية الله العظمى السيد البروجردي إلى قم وتصدّيه لزعامة الحوزة العلمية فيها، وكان السيد الكلبايكاني آنذاك حديث العهد بالمرجعية ومن كبار أساتذة الحوزة أيضاً، انعقدت جلسة في حضور السيد البروجردي لتدارس أوضاع الحوزة، فاجتمعت كلمة كبار الأساتذة على أن يكون جانب كبير من إدارة الحوزة بيد السيد الكلبايكاني، فاستنكف السيد من قبول هذه المسؤولية الثقيلة وخاصة إنها تستلزم منحه شهرية للطلبة بينما كان السيد من هذه الناحية غير متمكّن.

فألحّ سماحة الشيخ مرتضى الحائري - ابن المرجع المؤسس - الذي كان جالساً في صف السيد الكلبايكاني على أن يتقبل المسؤولية، ولكنه أكد استنكافه وعدم قبوله بها وذكر للحضور أن السبب الأساس هو العجز المالي، إلا أن الحضور بما فيهم زعيم الحوزة والمرجع الديني الكبير السيد البروجردي ألحّوا عليه وبإصرار حتى وافق السيد.

وكان عليه أول الأمر الإعلان عن منح الرواتب الشهرية لطلبة الحوزة وكانت بداية الشهر على الأبواب وليس بيد السيد مال. فاضطرّ إلى الاقتراض من أحد الأثرياء ليبدأ في توزيع الرواتب والباقي على الله تعالى.

وذات مرّة أخذ قرض مؤجّلة، إذ كان عليه تسديدها في وقت وأجل محدّد، فلما اقترب موعد التسديد أخبره أحد مقرّبيه تذكيراً وتأكيداً، إلا أن السيد لم يكن لديه مال فاكتفى بقوله: (الله أكبر)!

وإذ كنا غداة يوم التسديد جالسين عند السيد وإذا برجل دخل ووضع بين يديه مبلغاً من (الحقوق الشرعية) بمقدار الدين الذي كان على السيد تسديده في ذلك اليوم. فقال السيد: (الله أكبر)!

سأله أحد الجالسين عن سبب التكبير، أجابه السيد بابتسامة فقط.

ثم قال الرجل الذي جاء بالمال: لقد أُلهِمْتُ أن آتي إلى قم وادفع هذا المبلغ إلى سماحتكم.